Содержание крыса. Атлас микроРНК крысы: новый взгляд на биомаркеры токсичности поджелудочной железы

Какие микроРНК преобладают в разных органах крыс. Как выявить специфичные для поджелудочной железы микроРНК. Можно ли использовать микроРНК в качестве биомаркеров токсичности поджелудочной железы у крыс и собак. Какие перспективы открывает глубокое секвенирование микроРНК для токсикологических исследований.

Содержание

Ключевые результаты исследования микроРНК крыс

Исследователи провели масштабное картирование микроРНК в различных тканях и органах крыс с использованием технологии глубокого секвенирования. Это позволило получить детальный «атлас» распределения микроРНК по организму крысы. Основные результаты включают:

  • Идентифицировано более 1000 различных микроРНК в тканях крыс
  • Выявлены микроРНК, специфичные для конкретных органов
  • Обнаружены новые, ранее неизвестные микроРНК
  • Определены микроРНК, обогащенные в поджелудочной железе

Значение микроРНК для токсикологических исследований

МикроРНК представляют большой интерес для токсикологов по нескольким причинам:

  • Они играют важную роль в регуляции экспрессии генов
  • Их профиль экспрессии меняется при токсических воздействиях
  • Они стабильны в биологических жидкостях, что делает их перспективными биомаркерами
  • Специфичные для органов микроРНК могут указывать на повреждение конкретных тканей

Выявление микроРНК, обогащенных в поджелудочной железе

Исследователи сфокусировались на поиске микроРНК, специфичных для поджелудочной железы. Для этого они:

  1. Сравнили профили микроРНК поджелудочной железы с другими органами
  2. Выявили микроРНК, экспрессия которых значительно выше в поджелудочной железе
  3. Подтвердили результаты с помощью количественной ПЦР

В результате было идентифицировано несколько микроРНК, обогащенных в ткани поджелудочной железы крыс.

Оценка микроРНК как биомаркеров токсичности

Чтобы оценить потенциал выявленных микроРНК в качестве биомаркеров, исследователи:

  1. Вызвали экспериментальное повреждение поджелудочной железы у крыс
  2. Измерили уровни специфичных микроРНК в крови
  3. Сравнили чувствительность микроРНК с традиционными биомаркерами
  4. Провели аналогичные эксперименты на собаках для межвидового сравнения

Результаты показали, что некоторые микроРНК действительно могут служить чувствительными и специфичными маркерами повреждения поджелудочной железы как у крыс, так и у собак.

Перспективы использования микроРНК в токсикологии

Данное исследование открывает новые возможности для применения микроРНК в токсикологических исследованиях:

  • Разработка новых биомаркеров органоспецифичной токсичности
  • Неинвазивный мониторинг состояния органов в экспериментах
  • Изучение механизмов токсического действия веществ
  • Скрининг потенциальной токсичности новых соединений

Ограничения и дальнейшие направления исследований

Несмотря на многообещающие результаты, авторы отмечают ряд ограничений и направлений для дальнейших исследований:

  • Необходимо подтверждение результатов на большем количестве животных
  • Требуется изучение динамики изменения микроРНК при разных типах повреждений
  • Нужно провести сравнение с другими видами животных и человеком
  • Необходима разработка стандартизированных методов измерения микроРНК

Значение исследования для биомедицины

Полученные результаты имеют значение не только для токсикологии, но и для других областей биомедицины:

  • Изучение физиологии и патологии поджелудочной железы
  • Диагностика заболеваний поджелудочной железы
  • Разработка новых терапевтических подходов
  • Персонализированная медицина на основе профиля микроРНК

Методологические аспекты исследования

Важным аспектом работы является использование современных методов анализа микроРНК:

  • Глубокое секвенирование позволило выявить редкие и новые микроРНК
  • Биоинформатический анализ помог идентифицировать органоспецифичные микроРНК
  • Количественная ПЦР обеспечила точную валидацию результатов
  • Анализ in situ выявил клеточную локализацию микроРНК

Сравнение с предыдущими исследованиями

Авторы сопоставили свои результаты с ранее опубликованными данными:

  • Подтверждены некоторые ранее известные микроРНК поджелудочной железы
  • Обнаружены новые, ранее не описанные микроРНК
  • Получены более полные данные о распределении микроРНК по органам
  • Впервые проведено прямое сравнение крыс и собак

Этические аспекты исследования

Исследование проводилось с соблюдением этических норм:

  • Получено одобрение этического комитета
  • Минимизировано количество используемых животных
  • Применены методы обезболивания при заборе образцов
  • Использованы гуманные методы эвтаназии

Вклад отдельных авторов

В статье указан вклад каждого из авторов в проведение исследования:

  • Планирование эксперимента и дизайн исследования
  • Проведение экспериментов на животных
  • Выделение и анализ микроРНК
  • Биоинформатический анализ данных
  • Интерпретация результатов
  • Написание и редактирование рукописи

Финансирование и конфликт интересов

Авторы указали источники финансирования работы и отсутствие конфликта интересов:

  • Исследование поддержано грантом биотехнологической компании
  • Часть авторов являются сотрудниками этой компании
  • Авторы заявляют об отсутствии конфликта интересов

Таким образом, данное исследование представляет собой важный шаг в изучении микроРНК крыс и их потенциального применения в токсикологии. Полученные результаты открывают новые перспективы для разработки биомаркеров и понимания механизмов токсичности.

Кормление, содержание и уход за крысой в домашних условиях

Кормление. Взрослую крысу следует кормить 2 раза в день — утром и вечером. Крысят кормят 3-4 раза в день.

[bКрысам нельзя: шоколад, сырой картофель, специи, соль, жареное, жирное. Осторожно следует давать сочные овощи (огурцы, помидоры, и т.п.) Ни в коем случае нельзя давать алкогольные и газированные напитки, испорченные, несвежие продукты, а также пищу со стола.

Крысам можно: разнообразные зерновые готовые корма, которые продаются в зоомагазинах вполне подходят как основной корм. Дополнительно к нему даются сухари, овсяную крупу, хрустящие хлебцы. Помимо этого крысам даются: кисломолочные продукты, отварные овощи, фрукты, ягоды, орехи. Можно давать крысам отварное мясо и рыбу в небольших количествах. Сухой корм для щенков можно давать, он содержит необходимый крысе белок и не портится в клетке. Об него также чудесно стачиваются зубки. У крыс зубы растут все время и если их не стачивать есть вероятность, что они отрастут так, что она не сможет ни жевать, ни закрыть рот, в этом случае прямая дорога к ветеринару. Можно для этих целей приобрести минеральный камень, который кроме стачивания зубов станет отличным источником кальция.

Вода. Крыса, которая достаточно ест сочных кормов, может почти не пить. Но вода должна быть в клетке всегда! Удобна автоматическая поилка для грызунов. Так вода долго остается чистой. Фильтрованная прохладная вода лучше всего.

Нельзя перекармливать питомцев, так как крысы предрасположены к ожирению. Жирные крысы, как правило, живут гораздо меньше!

Содержание. Для содержания зверьков подойдет обычная клетка с металлическими прутьями. Лучше с пластмассовым поддоном, парой дверок и этажей. Размер лучше подбирать в зависимости от того много ли зверек будет проводить все клетки. Если такой возможности будет мало, то клеткой придется обзавестись достаточно большой, чтобы было, где полазить. Уборку клетки крысы нужно производить не реже раза в неделю.

Дно клетки лучше застилать гранулированными опилками или наполнителями для грызунов или кошек. Мелкие опилки для этой цели непригодны — попадая в глаза или дыхательные пути, они могут вызвать болезненные последствия.

Ни в коем случае нельзя оставлять клетку на сквозняках и допускать зимой переохлаждения комнаты с крысой т.к. это грозит крысам воспалительным процессом легких.

В случае заболевания, крысу желательно показать не простому ветеринарному врачу, а ветеринарному специалисту – ратологу (специалисту по грызунам).

В отличие от собак и кошек, лечение крыс более эффективно проводится на дому, так как в этом случае ветеринарный врач может не только увидеть симптомы болезни, но имеет возможность и ознакомиться с условиями содержания (освещённость, влажность, клетка, подстилка, кормление и т.д.), так как во многих случаях причиной, вызывающей болезни крыс являются неправильные условия содержания и кормления.

Здоровья Вам и Вашим питомцам!

© 2022 Команда «ЗООВЕТ»

Мы всегда рады Вам помочь!

Круглосуточная консультация:

+7 (495) 775-94-24
Запись на прием
[email protected]

Вернуться к списку

Питомцы: крысы

Крыс часто бросают или отдают после лабораторных опытов, но им тоже нужны дом и забота. Они – отличные питомцы для веган_ов. Крысы всеядные, как люди и собаки, поэтому их рацион можно безопасно веганизировать.

В этой записи мы постараемся рассказать вам об основах содержания крыс и веганизации их рациона. Подробнее о содержании лучше прочесть на профильных ресурсах.

  • Ратмания – основной российский ресурс о крысах. Будьте готовы, что там, скорее всего, не поймут идею растительного рациона для крыс. К тому же, информация может быть устаревшей.

Где взять крысу?

May

Ни в коем случае не покупайте крыс и не спонсируйте зообизнес таким образом. Крысам постоянно ищут новый дом в группах помощи. Мы не знакомы ни с одной из них и информацию приводим справочно:

  • Сообщество помощи крысам Ratfund.
  • Горячая линия «Крыса в беде».
  • V-Фонд. Помощь лабораторным крысам.

Человечество несёт ответственность за бесконтрольное размножение и страдания крыс. Поэтому, если у вас есть возможность и желание приютить брошенных крыс – это стоит сделать.

Скольких крыс брать?

Крысы – это социальные животные. Им тяжело жить в одиночку, и они могут сходить от этого с ума. Содержание крысы в одиночестве – издевательство над её психикой. Две и больше крыс в доме – лучший вариант для них. Если вы можете позволить себе содержание только одной крысы – откажитесь от этой идеи.

Человек или другие животные не могут заменить крысе сородича. Им постоянно нужно общение, а люди и другие животные не могут общаться так, как это делают крысы.

Если у вас уже есть одна крыса, и вы решили подселить к ней ещё одну или несколько, сначала тщательно изучите, как это делается. Из-за ошибок на начальных этапах вы можете никогда не подружить своих крыс.

Вы также можете содержать разнополых крыс вместе, но перед этим их нужно стерилизовать/кастрировать.

Что нужно для содержания крыс?

www.pinterest.ru

  • Свободное время: вам нужно будет убирать у крыс, кормить их и играть с ними.
  • Деньги на лечение: крысы легко заболевают и умирают в возрасте около двух лет.
  • Моральные силы: крыса, скорее всего, проживёт короткую жизнь, даже если вы будете хорошо о ней заботиться.
  • Клетка: рекомендуемый размер – не менее 90 см в длину, 60 см в глубину и 120 см в высоту. У клетки должен быть твёрдый, не проволочный пол.
  • Домики, гамаки, укрытия: для сна и отдыха.
  • Игрушки, тоннели, мисочки, лоток, мостики, канатики и другие вещи для еды и игр.
  • Тяжёлая миска с водой: главное – не брать поилку. Они не физиологичны для животных и опасны для их здоровья. Узнать больше: Что лучше — миска или поилка?.
  • Наполнители для клетки и лотка.
  • Еда.

Список может быть неполным и является справочным. Более подробную информацию о содержании крыс лучше узнавать в тематических ресурсах.

Видео про обустройство крысиной клетки

Растительное питание крыс

Помните – крысы не могут быть веганами, потому что веганство – этическая позиция человека. Но крысы могут питаться растительной пищей.

Больше всего о веганском питании крыс мы узнали из этого видео:

Тезисно:

  • Крысы могут содержаться на растительной диете безопасно – доказательств обратному нет.
  • В природе крысы питаются той растительной или животной пищей, которая им попадётся. Они не охотятся на других животных. Крысы не являются облигаторными хищниками.
  • Нет разницы между животным и растительным белком. Белок – это просто белок.
  • Всеядность не означает, что животное обязательно должно есть и животную, и растительную пищу. Это значит, что они могут употреблять оба типа пищи.
  • У крыс нет проблем с употреблением, перевариванием и получением питательных веществ из растительной пищи.
  • Крысам не нужно много протеина, его содержание в диете должно быть не более 18%.
  • Состав диеты для крыс: 50-60% – злаки, 10-20% – фрукты, 15-20% – овощи, 11-18% – белок.
  • Что можно давать (примеры): рубленая рожь, перловка, лущеное просо, пенне из цельнозерновой муки, банановые чипсы, овсяные хлопья, яблочные чипсы, соцветия брокколи, плющеный горох, морковь кубиками, хлопья петрушки, семена тыквы, зелёная чечевица, семена льна.

Какой корм выбрать?

На момент публикации этого поста мы не смогли найти ни одного веганского корма для крыс из магазинов. Вот, что во всех них не так:

  1. Витаминный премикс – всегда смотрите, какие витамины добавлены, пробивайте их на сайте doublecheckvegan.com. Если в составе есть витамин D, то с вероятностью 99% он не веган. Можно попробовать сделать запрос, но стоит быть готовыми к разочаровывающему ответы.
  2. Белок – может быть животного происхождения, это указано сразу на пачке.
  3. Мясные кусочки/гранулы – источник белка.
  4. Рыбные продукты – дешёвая добавка омега-3.
  5. Мёд – вероятно подсластитель.
  6. Гаммарус, зофобас, кузнечики, чёрная львинка – белок из насекомых.
  7. Костная мука – источник кальция.

Мешанки

На сайте Ратмания есть рецепт корма с удобным калькулятором. Версия от pathologic не содержит пэж: пшеница, овёс очищенный, маш, семечки подсолнечные, перловая крупа, макароны сухие, неглазированные кукурузные хлопья, семечки тыквенные, банановые чипсы, гречневая крупа, арахис, просо.

Мы перепроверили количество белка в этой мешанке, и оно даже превосходит нужное количество. Можно немного уменьшить количество ингредиентов. Для проверки удобно использовать счётчик cronometer.com.

Если вы задумаете делать свои мешанки, то можно добавлять в них тофу – он практически не содержит клетчатки, которая ведёт к вздутию. Можно давать и соевый йогурт без добавок и сахара.

Осторожно можно вводить в рацион свежий горошек и фасоль сушеную или зелёную.

Растительный рацион для крысы вполне реален, а животные продукты в её рационе совсем не обязательны. Вы можете кормить свою крысу самодельными смесями – это обычная практика у крысоводов.

Редактировала Дарья Ларина.

крыс | род грызунов | Британика

коричневая крыса

Все СМИ

Похожие темы:
крыса Осгуда
крыса Гофмана
полинезийская крыса
домашняя крыса
Раттус танезуми

Просмотреть весь связанный контент →

Резюме

Прочтите краткий обзор этой темы

rat , (род Rattus ), термин, который обычно и без разбора применяется к многочисленным членам нескольких семейств грызунов, длина тела которых превышает примерно 12 см или 5 дюймов. (Маленьких тонкохвостых грызунов так же часто без разбора называют мышами.) В научном обиходе rat относится к любому из 56 видов тонкохвостых грызунов среднего размера из рода Rattus , обитающих в континентальной Азии и прилегающих островах Юго-Восточной Азии восточнее Австралии и Новой Гвинеи. Некоторые виды распространились далеко за пределы своего естественного ареала в тесной связи с людьми. Коричневая крыса Rattus norvegicus (также называемая норвежской крысой) и домашняя крыса R. rattus (также называемая черной крысой, корабельной крысой или крысой на крыше) живут практически везде, где поселились человеческие популяции; домашняя крыса преобладает в более теплом климате, а коричневая крыса преобладает в регионах с умеренным климатом, особенно в городских районах. Скорее всего, происходящая из Азии, коричневая крыса достигла Европы в середине 1500-х годов и Северной Америки около 1750 года. Домашняя крыса, скорее всего, возникла в Индии.

Станьте свидетелем передачи возбудителя лептоспироза от крыс к человеку и его последствий

Просмотреть все видео к этой статье

Бурые и домашние крысы эксплуатируют человеческие пищевые ресурсы, поедая и заражая хранящееся зерно и убивая домашнюю птицу. Они несут ответственность за истощение или исчезновение местных видов мелких млекопитающих, птиц и рептилий, особенно на океанических островах. И коричневая, и домашняя крыса были причастны к распространению 40 болезней среди людей, включая бубонную чуму, пищевое отравление, шистосомоз, мышиный тиф, туляремию и лептоспироз. С другой стороны, коричневая крыса использовалась в лабораториях по всему миру для медицинских, генетических и фундаментальных биологических исследований, направленных на поддержание и улучшение здоровья человека. Крыс также держат в качестве домашних животных.

Общие характеристики

Крысы, как правило, стройные, с заостренной головой, большими глазами и выпуклыми ушами с тонким мехом. У них умеренно длинные ноги и длинные острые когти. На лысых подошвах их узких задних лап есть мясистые подушечки разного размера, в зависимости от вида. Коричневая крыса имеет более крупное тело, чем домашняя крыса, а ее хвост короче тела. У коричневой крысы также более густой мех и 12 пар молочных желез вместо 10. Длина хвоста у крыс колеблется от длины тела до заметно большей длины. Хвост кажется гладким и лысым, но на самом деле покрыт очень короткими тонкими волосками. У очень немногих видов эти волосы становятся длиннее к кончику, что придает хвосту слегка пучок. Как и у любой большой группы грызунов, размер тела варьируется в пределах рода. Большинство видов размером с крысу Гофмана ( R. hoffmanni ), родом с индонезийского острова Сулавеси, весом от 95 до 240 граммов (от 3,4 до 8,5 унций), длиной тела от 17 до 21 см (от 6,7 до 8,3 дюймов) и хвостом примерно такой же длины. Одним из более мелких видов является крыса Осгуда ( R. osgoodi ) из ​​Южного Вьетнама, с телом длиной от 12 до 17 см и несколько более коротким хвостом. На более крупном полюсе находится сулавесская белохвостая крыса ( R. xanthurus ) длиной от 19 до 27 см с хвостом от 26 до 34 см.

Как и у крысы Гофмана, у большинства видов умеренно короткая, мягкая и густая шерсть. У некоторых видов шерсть может быть более густой и длинной, несколько пушистой или длинной и грубой; у других, таких как сулавесская белохвостая крыса и сиккимская крыса ( R. remotus ) из ​​Индии, длинные и тонкие остевые волосы, напоминающие усы, выступают на 4–6 см за пределы шерсти на спине и крупе. Очень немногие виды Rattus имеют колючий мех. Крыса Хоффмана также демонстрирует основной цветовой узор, характерный для этого рода: верхняя часть тела от коричневато-желтого с примесью черного до темно-коричневого и пестро-желтого цвета, а нижняя часть тела от серебристо-серого до темно-серого, иногда с желтовато-коричневыми оттенками. Хвост, уши и лапы темно-коричневые. Как и в случае с текстурой меха, цвет варьируется. Сиккимская крыса имеет коричневатую верхнюю часть тела и чисто-белую нижнюю сторону; гималайская полевая крыса ( R. nitidus ) имеет коричневую спину, серый низ и жемчужно-белые ноги. У других очень темный мех, например у ментавайской крысы ( R. lugens ), обитающей на островах у западного побережья Суматры. У него коричневато-черный верх и серовато-черный живот. Хотя у большинства крыс хвост от серого до темно-коричневого (иногда почти черного), у некоторых видов наблюдается один из двух двухцветных рисунков: коричневый на всей верхней поверхности хвоста с более светлым оттенком или чисто белый на нижней поверхности, как у гималайских крыс. полевая крыса ( R. nitidus ) и туркестанской крысы ( R. turkestanicus ), или коричневой вокруг базальной трети до половины хвоста, а остальная часть равномерно белая, как у крысы Хугерверфа ( R. hoogerwerfi ) и белой Хвостатая крыса Сулавеси.

Естествознание

В своей естественной среде обитания крысы ведут преимущественно ночной образ жизни — коричневая крыса является заметным исключением, она активна днем ​​и ночью как в городской, так и в сельской местности. Все крысы наземные, а многие еще и древесные. Сулавесская белохвостая крыса отлично лазает и демонстрирует классическое сочетание древесных признаков в течение 9 лет.0021 Rattus : очень длинный хвост относительно длины тела, чрезвычайно длинные остевые волосы на спине и надхвостье и широкие задние лапы с выступающими мясистыми подушечками. Эти грызуны прячутся среди корней больших деревьев (обычно инжира-душителя) и кормятся высоко в кронах подлеска и крон деревьев. Напротив, те виды, у которых хвост значительно короче длины тела, короткие остевые волосы на спине и крупе и незаметные подушечки на подошвах задних лап, как правило, обитают на земле. Большинство крыс умеют плавать; виды с густым и несколько пушистым мехом обычно хорошо плавают, а некоторые из них являются искусными пловцами, которые добывают корм в водной среде. Коричневая крыса, например, имеет характерную для наземных крыс морфологию и сравнительно плохо лазает, но у нее густой мех, и она с готовностью проникает в озера, ручьи и канализацию в поисках рыбы, беспозвоночных или другой пищи. Домашняя крыса, с другой стороны, чрезвычайно подвижна над землей, способна карабкаться и бегать по узким веткам и проводам.

Считается, что крысы едят все, и эта концепция исходит из знакомства с хорошо приспосабливаемыми коричневыми крысами и домашними крысами, но диета на самом деле различается в зависимости от вида и среды обитания. Там, где она живет с людьми, домашняя крыса действительно потребляет почти все, что можно переварить, особенно хранящееся зерно. Коричневая крыса в основном всеядна, но предпочитает плотоядную диету, агрессивно преследуя самую разнообразную добычу, включая креветок, улиток, мидий, насекомых, птичьи яйца и птенцов, амфибий, угрей, рыб, фазанов, голубей, домашнюю птицу, кроликов и падаль. Многие виды тропических лесов, в том числе сулавесская белохвостая крыса и крыса Хоффмана, питаются только фруктами и семенами внутри, но некоторые, такие как филиппинская лесная крыса ( R. everetti ), также питаются насекомыми и червями. Другие тропические виды, такие как рисовая полевая крыса ( R. argentiventer ) и малайская полевая крыса ( R. tiomanicus ), в основном питаются насекомыми, улитками, слизнями и другими беспозвоночными, обитающими в местах обитания лесных массивов, во вторую очередь растительность, кустарники и поля под паром, пальмовые плантации и рисовые поля.

Оформите подписку Britannica Premium и получите доступ к эксклюзивному контенту.
Подпишитесь сейчас

Некоторые крысы роют норы или строят свои гнезда под валунами, гниющими стволами деревьев или другими укрытиями на лесной подстилке; они также могут укрываться в глубоких расщелинах скал или пещерах и в жилищах от небольших деревенских хижин до больших городских зданий. Репродукция крыс наиболее интенсивно изучалась у бурых крыс. Этот плодовитый грызун достигает половой зрелости в возрасте трех месяцев и может произвести до 12 пометов от 2 до 22 детенышей (8 или 9).обычно) в год, с пиками весной и осенью и периодом беременности от 21 до 26 дней. Размножение у многих тропических видов происходит в течение всего года, но у других может ограничиваться сезоном дождей или летними месяцами. Размеры помета у видов тропических лесов, как правило, намного меньше (от одного до шести), а сезонные заводчики, особенно в австралийских местообитаниях, производят значительно меньше ежегодных пометов.

Классификация и палеонтология

Представители рода Rattus произрастают в умеренной и тропической континентальной Азии, в регионе Австралии и Новой Гвинеи и на островах между этими массивами суши. Некоторые авторитеты признают пять групп видов внутри рода.

Группа norvegicus , состоящая только из коричневых крыс, возможно, возникла в северном или северо-восточном Китае.

Большинство из 20 видов в группе rattus обитают в субтропической и тропической Азии от полуострова Индии до юго-востока Китая, Юго-Восточной Азии, Тайваня, некоторых островов на Филиппинах и Сулавеси. Они живут в низинных и горных тропических лесах, кустарниках, сельскохозяйственных и залежных полях, а также в постройках человека. Помимо домашней крысы, распространение четырех других видов ( R. argentiventer , R. nitidus , R. exulans и R. tanezumi ) простираются за пределы континентальной Юго-Восточной Азии, от Зондского шельфа до Новой Гвинеи и далее до некоторых островов Тихого океана, и, скорее всего, представляют собой интродукции. облегчена деятельностью человека.

19 видов в группе «Австралия-Новая Гвинея» являются аборигенными для Австралии, Новой Гвинеи и прилегающих островов, а также Молуккских и Малых Зондских островов между Австралией-Новой Гвинеей и континентальной Юго-Восточной Азией. Они занимают места обитания, включая песчаные равнины, открытые луга и травянистые участки в лесах, вересковых пустошах, саваннах и тропических лесах.

Группа xanthurus включает пять видов, обитающих на Сулавеси и близлежащем острове Пеленг, где они населяют формации тропических лесов на всех высотах.

Есть 11 видов, отношения которых не решены. Они имеют эндемичные ареалы от полуостровной Индии через Юго-Восточную Азию до Филиппин. Большинство из них сейчас живут или когда-то жили в тропических лесах; два вида вымерли.

Rattus вида принадлежат к подсемейству Murinae (крысы и мыши Старого Света) «настоящего» семейства мышей и крыс, Muridae, отряда Rodentia. Среди их ближайших ныне живущих родственников — крысы бандикуты (роды Bandicota и Nesokia ). Информация об эволюционной истории рода скудна; окаменелости эпохи плейстоцена (от 2 600 000 до 11 700 лет назад) в Азии, на Яве и в Австралии представляют собой древнейшие вымершие виды Rattus .

Гай Мюссер

Атлас микроРНК тела крысы; Оценка содержания микроРНК в органах крыс посредством глубокого секвенирования и характеристики микроРНК, обогащенных поджелудочной железой, как биомаркеров панкреатической токсичности у крыс и собак

. 2016 30 августа; 17 (1): 694.

doi: 10.1186/s12864-016-2956-z.

Аарон Смит
1
 , Джон Колли
2
 , Сачин Матхур
2
 , Хуэй-Ронг Цянь
3
 , Хан Ву
3
 , Марк Фармен
3
 , Флориан Кеймент
4
 , Пьер Р Бушель
5
 , Цзяньин Ли
6
 , Крейг Фишер
7
 , Патрик Кирби
7
 , Эрик Кениг
8
 , Дэвид Г Холл
9
 , Дэвид Э. Уотсон
10

Принадлежности

  • 1 Отделение исследовательской токсикологии, неклинической оценки безопасности и патологии, Исследовательские лаборатории Лилли, Корпоративный центр Лилли, Индианаполис, 46285, Индиана, США. [email protected].
  • 2 Департамент биоинформатики TTX, Исследовательские лаборатории Лилли, Корпоративный центр Лилли, Индианаполис, 46285, Индиана, США.
  • 3 Департамент статистики открытий и разработок, Исследовательские лаборатории Лилли, Корпоративный центр Лилли, Индианаполис, 46285, Индиана, США.
  • 4 Кафедра токсикогеномики, Маастрихтский университет, Universiteitsingel, Маастрихт, Нидерланды.
  • 5 Национальный институт наук о гигиене окружающей среды, отделение биостатистики, Дарем, Северная Каролина, США.
  • 6 Kelly Government Solutions, Research Triangle Park, Дарем, Северная Каролина, 27709, США.
  • 7 Оценка безопасности лекарственных средств, Takeda Pharmaceuticals International Company, Дирфилд, США.
  • 8 Молекулярная патология, Takeda Pharmaceuticals International Company, Дирфилд, США.
  • 9 Отделение патологоанатомического исследования, Исследовательские лаборатории Лилли, Корпоративный центр Лилли, Индианаполис, 46285, Индиана, США.
  • 10 Отделение исследовательской токсикологии, неклинической оценки безопасности и патологии, Исследовательские лаборатории Лилли, Корпоративный центр Лилли, Индианаполис, 46285, Индиана, США.

  • PMID:

    27576563

  • PMCID:

    PMC5006322

  • DOI:

    10. 1186/с12864-016-2956-з

Бесплатная статья ЧВК

Аарон Смит и др.

Геномика BMC.

.

Бесплатная статья ЧВК

. 2016 30 августа; 17 (1): 694.

doi: 10.1186/s12864-016-2956-z.

Авторы

Аарон Смит
1
 , Джон Колли
2
 , Сачин Матхур
2
 , Хуэй-Ронг Цянь
3
 , Хан Ву
3
 , Марк Фармен
3
 , Флориан Кеймент
4
 , Пьер Р Бушель
5
 , Цзяньин Ли
6
 , Крейг Фишер
7
 , Патрик Кирби
7
 , Эрик Кениг
8
 , Дэвид Г Холл
9
 , Дэвид Э. Уотсон
10

Принадлежности

  • 1 Департамент исследовательской токсикологии, неклинической оценки безопасности и патологии, Исследовательские лаборатории Лилли, Корпоративный центр Лилли, Индианаполис, 46285, Индиана, США. [email protected].
  • 2 Департамент биоинформатики TTX, Исследовательские лаборатории Лилли, Корпоративный центр Лилли, Индианаполис, 46285, Индиана, США.
  • 3 Департамент статистики открытий и разработок, Исследовательские лаборатории Лилли, Корпоративный центр Лилли, Индианаполис, 46285, Индиана, США.
  • 4 Кафедра токсикогеномики, Маастрихтский университет, Universiteitsingel, Маастрихт, Нидерланды.
  • 5 Национальный институт наук о гигиене окружающей среды, отделение биостатистики, Дарем, Северная Каролина, США.
  • 6 Kelly Government Solutions, Research Triangle Park, Дарем, Северная Каролина, 27709, США.
  • 7 Оценка безопасности лекарственных средств, Takeda Pharmaceuticals International Company, Дирфилд, США.
  • 8 Молекулярная патология, Takeda Pharmaceuticals International Company, Дирфилд, США.
  • 9 Отделение патологоанатомического исследования, Исследовательские лаборатории Лилли, Корпоративный центр Лилли, Индианаполис, 46285, Индиана, США.
  • 10 Отделение исследовательской токсикологии, неклинической оценки безопасности и патологии, Исследовательские лаборатории Лилли, Корпоративный центр Лилли, Индианаполис, 46285, Индиана, США.

  • PMID:

    27576563

  • PMCID:

    PMC5006322

  • DOI:

    10.1186/с12864-016-2956-з

Абстрактный


Задний план:

МикроРНК (миРНК) представляют собой молекулы РНК длиной ~ 19-25 нуклеотидов, которые точно настраивают экспрессию генов посредством ингибирования трансляции или деградации мРНК путем включения в РНК-индуцированный комплекс молчания (RISC). МикроРНК стабильны в сыворотке и плазме, обнаруживаются в большом количестве жидкостей организма, сохраняются у животных и человека и экспрессируются тканеспецифическим образом. Их можно обнаружить в низких концентрациях в кровотоке у животных и человека, что вызывает интерес к использованию микроРНК в качестве биомаркеров повреждения тканей на основе сыворотки и/или плазмы. Профилирование тканей микроРНК у грызунов было опубликовано, но недостаточное количество образцов органов, представляющих токсикологический интерес, с использованием микрочипов или технологий количественной ПЦР для обнаружения микроРНК. Здесь мы передаем улучшенный атлас микроРНК тела крысы, состоящий из 21 и 23 тканей, представляющих токсикологический интерес, от самцов и самок крыс Sprague Dawley соответственно, используя секвенирование микроРНК Illumina. Несколько авторов создали атлас тела микроРНК собак, и мы сотрудничали, чтобы протестировать микроРНК, сохраненные в поджелудочной железе крыс и собак, в исследованиях токсичности церулеина с использованием обоих видов.


Результаты:

Представлен богатый набор данных, который более надежно определяет тканевую специфичность и профили обогащения ранее опубликованных и неоткрытых микроРНК крыс. Мы создали 1927 последовательностей, которые картированы со зрелыми микроРНК крысы, мыши и человека с помощью miRBase, и обнаружили дополнительные 1162 крысиных микроРНК по сравнению с текущим числом крысиных микроРНК в miRBase версии 21. Были идентифицированы тканеспецифичные и обогащенные микроРНК, и подмножество этих микроРНК были проверены с помощью количественной ПЦР на тканевую специфичность или обогащение. В качестве примера силы этого подхода мы провели исследования токсичности поджелудочной железы крыс и собак и изучили уровни некоторых тканеспецифичных и обогащенных микроРНК, сохраняющихся между крысами и собаками в сыворотке каждого вида. Исследования показывают, что консервативные тканеспецифичные/обогащенные miR-216a-5p, 375-3p, 148a-3p, 216b-5p и 141-3p являются кандидатами в биомаркеры повреждения поджелудочной железы у крыс и собак.


Выводы:

Атлас тела микроРНК для крыс и собак был полезен для выявления новых биомаркеров микроРНК-кандидатов органной токсичности у 2 токсикологически значимых видов.


Ключевые слова:

биомаркеры; Глубокое секвенирование; Панкреатическая токсичность; Ткань обогащена; Тканеспецифические; микроРНК.

Цифры

Рис. 1

Ткани, используемые для строительства…

Рис. 1

Ткани, использованные для построения атласа тела крыс с микроРНК и диаграмм…


рисунок 1

Ткани, использованные для построения атласа тела крыс с микроРНК, и диаграммы значений RIN, связанных с тканями 5 самцов и 5 самок крыс Sprague Dawley, проиллюстрированы выше. РНК экстрагировали из тканей крыс и тестировали на качество РНК с помощью биоанализатора Agilent. Большинство РНК были очень высокого качества, судя по значениям RIN. РНК поджелудочной железы имели самые низкие значения RIN, а также имели наименьшее количество последовательностей, картированных со зрелыми микроРНК

Рис. 2

Схема рабочего процесса. Малая РНК…

Рис. 2

Схема рабочего процесса. Содержание малых РНК в органах крыс исследовали методом глубокого…


Рис. 2

Схема рабочего процесса. Содержание малых РНК в органах крыс исследовали с помощью глубокого секвенирования, и данные были переданы в 3 учреждения для независимого анализа данных. Прочтения были картированы с микроРНК крысы, мыши и человека из miRBase v19.и v20 с использованием miRDeep2, а также тканеспецифичных и тканеобогащенных микроРНК было идентифицировано

Рис. 3

Диаграмма Венна анализа данных…

Рис. 3

Диаграмма Венна методов анализа данных. Анализ данных секвенирования микроРНК был…


Рис. 3

Диаграмма Венна методов анализа данных. Анализ данных секвенирования микроРНК был независимо выполнен Eli Lilly, Маастрихтским университетом и NIEHS с использованием различных методов анализа данных. Eli Lilly идентифицировала 481 микроРНК, обогащенную тканью, Маастрихтский университет идентифицировал 355 микроРНК, обогащенную тканью, а NIEHS идентифицировал 660 микроРНК, обогащенную тканью. Количество общих микроРНК между Маастрихтским университетом и Eli Lilly составило 167, количество общих микроРНК между Маастрихтским университетом и NIEHS составило 202, а количество общих микроРНК между Eli Lilly и NIEHS составило 401. Количество микроРНК в общего между всеми 3 анализами было 165

Рис. 4

Тепловая карта тканей…

Рис. 4

Тепловая карта тканеспецифичных и тканеобогащенных микроРНК. Примеры тканеспецифических…


Рис. 4

Тепловая карта тканеспецифичных и тканеобогащенных микроРНК. Примеры тканеспецифичных и обогащенных микроРНК, идентифицированных в этом и ранее опубликованных исследованиях, отображаются с тканями на оси x и микроРНК, перечисленными на оси y. Экспрессия микроРНК от наименьшей до максимальной экспрессии обозначена как сдвиг от синего к красному, где синий представляет наименьшую экспрессию, а темно-красный указывает на максимальную экспрессию

Рис. 5

Корреляция анализа количественной ПЦР…

Рис. 5

Корреляция анализа КПЦР тканеспецифичных и/или обогащенных микроРНК. Тканеспецифические и/или…


Рис. 5

Корреляция анализа КПЦР тканеспецифичных и/или обогащенных микроРНК. Тканеспецифические и/или обогащенные микроРНК были выбраны в соответствии с тканями, в которых отсутствуют или требуются дополнительные биомаркеры статуса органа, и они были измерены в 21 ткани от 3 самок крыс с помощью количественной ПЦР. Данные КПЦР сравнивали с необработанными значениями секвенирования для каждой миРНК. Идеальная корреляция равна  - 1, потому что значение Ct уменьшается по мере увеличения распространенности секвенирования. Двадцать семь из тридцати девяти протестированных миРНК очень хорошо коррелировали с данными секвенирования с корреляцией от  - 0,8 до  - 1,0, 8 миРНК показали корреляцию  - 0,79.до  - 0,57 и 4 микроРНК показали более плохие корреляции от  - 0,33 до  - 0,22. МиР-196c-5p и 206-5p не амплифицировались с помощью количественной ПЦР и, следовательно, не проявляли тканевой специфичности или обогащения с помощью количественной ПЦР

Рис. 6

Гистопатологическая оценка поджелудочной железы…

Рис. 6

Гистопатологическая оценка поджелудочной железы крыс, получавших 15 и 50 мкг/кг…


Рис. 6

Гистопатологическая оценка поджелудочной железы крыс, получавших 15 и 50 мкг/кг церулеина. Гистопатологическую оценку органов проводили через 8, 24 и 48 часов, при этом доза, время и количество животных были указаны на оси x, а степень повреждения — на оси y (серо-синий цвет указывает на легкое повреждение, зеленый — на умеренное повреждение, синий цвет указывает на минимальную травму, а розовый — на выраженную травму). Поджелудочная железа крыс демонстрировала минимальный и легкий панкреонекроз у 4 крыс, получавших носитель, через 24 и 48 часов, в то время как дозозависимое увеличение тяжести некроза было отмечено у крыс, получавших 15 и 50 мкг/кг, через 8, 24 и 48 часов

Рис. 7

Клиническая химия и микроРНК сыворотки…

Рис. 7

Клиническая биохимия и анализ микроРНК в сыворотке крыс, получавших церулеин. Крысы, обработанные…


Рис. 7

Клиническая химия и анализ микроРНК сыворотки крыс, получавших церулеин. Крыс, получавших 0, 15 и 50 мкг/кг церулеина, исследовали на клиническую химию и изменения микроРНК (дозы указаны красным, зеленым и синим соответственно). По оси абсцисс указано время и логарифм 2 кратного изменения, среднее значение, а также 95 % доверительный интервал указан на оси Y. Количество микроРНК увеличивалось в сыворотке крыс при приеме 15 и 50 мкг/кг церулеина, что совпадало с повышением уровня амилазы и липазы, при этом максимальное увеличение происходило через 8–24 ч для miRs-216a-5p, 217-5p и 375-3p. Значения нормированы на носитель и пик cel-miR-55-3p в

.

Рис. 8

Гистопатологическая оценка поджелудочной железы…

Рис. 8

Гистопатологическая оценка поджелудочной железы собак, получавших церулеин. Собаки маршалл бигль…


Рис. 8

Гистопатологическая оценка поджелудочной железы собак, получавших церулеин. Собак-гончих Маршалла лечили 3, 15 и 45 мкг/кг церулеина, и через 24 и 72 часа проводили гистопатологическую оценку органов с дозой, временем и количеством животных, указанными на оси x, и степенью повреждения, указанной на оси y. -ось (розовый цвет указывает на минимальную травму, а зеленый — на умеренную травму). У собак, получавших 3 мкг/кг церулеина, не было отмечено дегенерации/некроза поджелудочной железы. Дегенерация/некроз поджелудочной железы была отмечена у 1 собаки через 24 часа в группе, принимавшей 15 мкг/кг, и продемонстрировала дозозависимое усиление тяжести через 24 и 72 часа в группе, принимавшей 45 мкг/кг

Рис. 9

Клиническая химия и микроРНК сыворотки…

Рис. 9

Клиническая биохимия и анализ микроРНК в сыворотке крови собак, получавших церулеин. Собаки, обработанные…


Рис. 9

Клиническая химия и анализ микроРНК в сыворотке крови собак, получавших церулеин. Собак, получавших 3, 15 и 45 мкг/кг церулеина, исследовали на клиническую химию и изменения микроРНК в сыворотке (дозы обозначены красным, зеленым и синим соответственно). По оси абсцисс указано время и логарифм 2 кратного изменения, среднее значение, а также 95 % доверительный интервал указан на оси ординат. МикроРНК были повышены в сыворотке собак, получавших 3 мкг/кг церулеина, до повышения уровня амилазы и липазы. Уровень миРНК увеличивался в зависимости от дозы в сыворотке собак, получавших 15 и 45 мкг/кг церулеина, и коррелировал с повышением уровня амилазы и липазы, в то время как уровень миР-216a-5p оставался повышенным до 24 часов. Значения нормированы на носитель и пик cel-miR-55-3p в

.

См. это изображение и информацию об авторских правах в PMC

Похожие статьи

  • Атлас тканей микроРНК гончей собаки: определение переводимых биомаркеров органной токсичности.

    Кениг Э.М., Фишер С., Бернард Х., Воленски Ф.С., Геррейн Дж., Карсильо М., Галлахер М., Це А., Питерс Р., Смит А., Михан А., Тиррелл С., Кирби П.
    Кениг Э.М. и соавт.
    Геномика BMC. 2016 17 августа; 17:649. doi: 10.1186/s12864-016-2958-x.
    Геномика BMC. 2016.

    PMID: 27535741
    Бесплатная статья ЧВК.

  • RATEmiRs: крысиный атлас базы данных тканеспецифичных и обогащенных микроРНК.

    Бушел П.Р., Кеймент Ф., Ву Х., О’Лоун Р., Дэй Ф., Колли Дж., Смит А., Ли Дж.
    Бушел П. Р. и др.
    Геномика BMC. 2018 19 ноября; 19 (1): 825. doi: 10.1186/s12864-018-5220-x.
    Геномика BMC. 2018.

    PMID: 30453895
    Бесплатная статья ЧВК.

  • Совместное секвенирование и новая отсроченная антикорреляция идентифицируют функцию биомаркеров микроРНК, обогащенных поджелудочной железой, в крысиной модели острого повреждения поджелудочной железы.

    Ли З., Роуз Р.
    Ли Зи и др.
    Геномика BMC. 2018 27 апреля; 19 (1): 297. doi: 10.1186/s12864-018-4657-2.
    Геномика BMC. 2018.

    PMID: 29699496
    Бесплатная статья ЧВК.

  • Специфические биомаркеры заболеваний микроРНК в крови, сыворотке и плазме: проблемы и перспективы.

    Бэкес С., Миз Э., Келлер А.
    Бэкес С. и соавт.
    Мол Диагн Тер. 2016 дек; 20(6):509-518. doi: 10. 1007/s40291-016-0221-4.
    Мол Диагн Тер. 2016.

    PMID: 27378479Рассмотрение.

  • МикроРНК-биомаркеры токсичности в биологических матрицах.

    Харрилл А.Х., Маккалоу С.Д., Вуд К.Э., Кале Дж.Дж., Чорли Б.Н.
    Харрил А.Х. и соавт.
    Токсикол науч. 2016 авг; 152(2):264-72. doi: 10.1093/toxsci/kfw090.
    Токсикол науч. 2016.

    PMID: 27462126

    Рассмотрение.

Посмотреть все похожие статьи

Цитируется

  • Всестороннее транскриптомное профилирование микроРНК-seq по 11 органам, 4 возрастам и 2 полам крыс Fischer 344.

    Яо Х, Сунь С, Цзы И, Лю И, Ян Дж, Жэнь Л, Чен Г, Цао Зи, Хоу В, Сун Ю, Шан Дж, Цзян Х, Ли З, Ван Х, Чжан П, Ши Л, Ли КЗ, Ю Ю, Чжэн Ю.
    Яо Х и др.
    Научные данные. 2022 12 мая; 9 (1): 201. doi: 10.1038/s41597-022-01285-7.
    Научные данные. 2022.

    PMID: 35551205
    Бесплатная статья ЧВК.

  • Системный анализ биомаркеров микроРНК для информирования о безопасности лекарств.

    Шофилд А.Л., Браун Дж.П., Браун Дж., Вилчинска А., Белл С., Глааб В.Е., Хакл М., Хауэлл Л., Ли С., Уважаемый Дж.В., Ремес М., Ривз П., Чжан Э., Аллмер Дж., Норрис А., Фальчиани Ф., Такешита Л.И., Сейед Форутан С., Саттон Р., Парк Б.К., Голдринг С.
    Шофилд А.Л. и соавт.
    Арх Токсикол. 2021 ноябрь;95(11):3475-3495. doi: 10.1007/s00204-021-03150-9. Epub 2021 12 сентября.
    Арх Токсикол. 2021.

    PMID: 34510227
    Бесплатная статья ЧВК.

    Рассмотрение.

  • миР-204: Молекулярная регуляция и роль в сердечно-сосудистых и почечных заболеваниях.

    Лю Дж., Лю Ю., Ван Ф., Лян М.
    Лю Дж. и др.
    Гипертония. 2021 авг; 78 (2): 270-281. doi: 10.1161/HYPERTENSIONAHA.121.14536. Epub 2021 28 июня.
    Гипертония. 2021.

    PMID: 34176282
    Бесплатная статья ЧВК.

    Рассмотрение.

  • Методологические соображения для измерения биомаркеров микроРНК на основе биожидкостей.

    Чорли Б.Н., Атабахш Э., Доран Г., Готье Дж.С., Эллингер-Зигельбауэр Х., Джексон Д., Шарапова Т., Юэн П.С.Т., Черч Р.Дж., Куттет П., Фройчл Р., Макдаффи Дж., Мартинес В., Панде П., Пил Л., Рафферти C, Симутис Ф.Дж., Харрилл А.Х.
    Чорли Б.Н. и соавт.
    Критический преподобный Toxicol. 2021 март; 51(3):264-282. дои: 10.1080/10408444.2021.1907530. Epub 2021 26 мая.
    Критический преподобный Toxicol. 2021.

    PMID: 34038674
    Бесплатная статья ЧВК.

  • Барьеры при системной доставке и доклиническом тестировании синтетических микроРНК на животных моделях: экспериментальное исследование миметика miR-215-5p.

    Мачакова Т., Вычиталова-Фалтейскова П., Соукова К., Лага Р., Андрович Л., Миксова Г., Слаби О.
    Мачакова Т. и соавт.
    Физиол Рез. 2021 12 июля; 70 (3): 481-487. doi: 10.33549/physiolres.934571. Epub 2021 12 мая.
    Физиол Рез. 2021.

    PMID: 33982582
    Бесплатная статья ЧВК.

Просмотреть все статьи «Цитируется по»

использованная литература

    1. Ван Ален Дж., Гул Б.Х. От биомаркерных стратегий к биомаркерным действиям и обратно. Наркотиков Дисков сегодня. 2010;15(3/4):121–126.

      —

      пабмед

    1. Мона Ботрос КАС. Коэффициент де Ритиса: испытание временем. Clin Biochem Rev. 2013; 34 (ноябрь 2013 г.): 117–130.

      —

      ЧВК

      —

      пабмед

    1. Йозеф Озер М.Р., Мартин С., Венди Б., Шелли С. Текущее состояние сывороточных биомаркеров гепатотоксичности. Токсикология. 2008; 245:194–205. doi: 10.1016/j.tox.2007.11.021.

      —

      DOI

      —

      пабмед

    1. Бун А, Бун АраГ.

Добавить комментарий

Ваш адрес email не будет опубликован. Обязательные поля помечены *

➤